Η φρουριακής μορφής αντρική μονή βρίσκεται σε μια κατάφυτη περιοχή ανάμεσα στα χωριά Σγουροκεφάλι και Σαμπάς, στη θέση του υψώματος Σωρός Παντελή, σε υψόμετρο 538 μέτρων και απόσταση 23 χιλιομέτρων από το Ηράκλειο. Το όνομα «Αγκαράθου» οφείλεται στο φυτό αγκαραθιά, κάτω από το οποίο λέγεται ότι βρέθηκε η εικόνα της Παναγίας και σε εκείνο το σημείο αργότερα χτίστηκε η εκκλησία.
Σήμερα μπροστά από το Ιερό υπάρχει μια ροδιά που, σύμφωνα με την παράδοση, είναι η αγκαραθιά την οποία μπόλιασαν οι μοναχοί και έγινε δέντρο. Μάλιστα στον κορμό της κρατούν πάντα αναμμένο ένα καντήλι. Θεωρείται από τα παλιότερα μοναστήρια της Κρήτης. Από σωζόμενες πηγές γνωρίζουμε ότι ανήκε στους απογόνους του Ματθαίου Καλλέργη, οι οποίοι το 1504 την παραχώρησαν στον μοναχό Νήφωνα Νοταρά.
Εκείνος την αναδιοργάνωσε και στα χρόνια της Ενετοκρατίας αναδείχθηκε πρώτη στην ιεραρχία των μοναστηριών του νησιού, με μεγάλη περιουσία και πολλά μετόχια. Επίσης, υπήρξε φυτώριο παιδείας σπουδαίων αντρών, όπως ο Οικουμενικός Πατριάρχης Κύριλλος Λούκαρις, ο Πατριάρχης Αλεξανδρείας Μελέτιος Πηγάς, ο Επίσκοπος Κρήτης Γεράσιμος Παλαιοκάπας, ο λόγιος Ιωσήφ Βρυέννιος και Συλβέστρος ο Κρης.
Την ακμή της μονής ανέκοψε η τουρκική κατάκτηση του νησιού, ενώ, λόγω της συμμετοχής των μοναχών της στην Επανάσταση του 1821, οι Τούρκοι πυρπόλησαν όλα τα κτίσματά της. Σχολείο ιδρύθηκε ξανά μετά το 1860, ενώ κατά την επανάσταση του 1866 έγινε ορμητήριο αγωνιστών. Ο νέος ναός οικοδομήθηκε το 1894-με το τέλος της Τουρκοκρατίας, άρχισε μια νέα περίοδος ακμής-στον τύπο του σταυροειδή με τρούλο.
Είναι δίκλιτος, με το ένα κλίτος αφιερωμένο στην Κοίμηση της Θεοτόκου και γιορτάζει στις 15 Αυγούστου και το άλλο στον Άγιο Μηνά, που γιορτάζει στις 11 Νοεμβρίου. Εξω από τη μονή Αγκαράθου υπάρχει ο παλιός ναός του Αγίου Ραφαήλ.
